När det befuktas med dyssystem finfördelas vatten ut i lokalen, som man önskar att styra luftfuktigheten i. Det är av avgörande betydelse att vattnet som används är rent och bakteriefritt, således att det inte kan uppstå hälsorisker för de människor som  uppehåller sig i de lokaler som befuktas.

Vatten är ett viktigt livsmedel, och det är samtidigt många bakterier som naturligt lever i vattenburna system eller kan binda sig till vatten-aerosoler.

Det finns f.n. inget myndighetskrav om kontroll av vattenkvalitet till befuktningsanläggningar, och det finns ingen standard för hur många mikroorganismer det får vara i vatten, som används till befuktningsändamål. Det finns standard för mikroorganismer i dricksvatten och hur dricksvatten skall kontrolleras, men standarden och kraven till dricksvatten kan inte omedelbart överföras till befuktningsanläggningar, då vattnet inte intas, men förångas och upptas i luften.
I Tyskland finns riktlinjer för mikroorganismer i luft och vatten, som skall följas vid installering av befuktningsanläggningar i industrilokaler.

För att säkerställa att  vattnet som finfördelas från befuktningsanläggning inte kan utgöra någon risk skall det därför tas speciella förhållningsregler. Detta innebär att befuktningsanläggningen skall vara uppbyggd i en hygienisk design och det skall tagas hygienmässiga förhållningsregler, dels vid framställning och montage, dels vid efterföljande användning, service och underhåll.